La parroquia de la Catedral de Tunja, fue erigida el 6 de agosto de 1539, pertenece a la Arquidiócesis de Tunja, según la Bula “Infinitus Amor”, de su Santidad León XIII del 29 de Julio de 1880. La ciudad de Tunja y esta parroquia se inauguraron con una Misa oficiada por el primer Cura, El Padre Vicente Requexzada. Lo primero que se construyó fue una Capilla Pajiza en forma rectangular y de paredes, vara en tierra al estilo de las construcciones indígenas tanto la Capilla como la Ciudad fueron dedicadas y puestas bajo la protección y título de Nuestra Señora de Guadalupe, recién aparecida en México (1531).

Esta primera Capilla, duró hasta el año 1553, cuando un incendio la redujo a cenizas. La Ciudad, apesadumbrada, se propuso reconstruirla en piedra y ladrillo sin modificación en su capacidad y forma. Al llegar a Tunja (1561) Don Juan de Castellanos, y en unión de Fundador Gonzales Suarez R. consideraron que la ciudad merecía una Iglesia mejor y soñaron con la Iglesia Catedral, y en 1565 contratan al experto maestro de obras, Don Martolome de Sosa, el trazo de la nueva Iglesia. Después de los estudios pertinentes (suelos, espacio disponible, etc.), el maestro Sosa hizo la propuesta de construir una Iglesia de tres Naves estilo gótico español. La propuesta fue aceptada con entusiasmo e inmediatamente se iniciaron los trabajos de trazos y construcción de las bases. La muerte del maestro Sosa (+1567) interrumpió los trabajos, que se reanudaron al firmar con el maestro constructor y carpintero, Francisco Abril. Que se comprometió al trazo, corte y montaje, de un artesonado mudéjar, que rematara la estructura gótica del templo, estilo gótico-mudéjar único en América Latina.

Restauración de 1982

Para salvar la Catedral, cuyos techos y partes de sus muros amenazaban desplomarse, el Sr. Arzobispo Monseñor Augusto Trujillo Arango y Monseñor Jorge Monastoque Valero, Párroco de la Basílica, obtuvieron de la Fundación para la Conservación y Restauración del Patrimonio Cultural Colombiano realizar la restauración. Gracias a esto, quién entra ahora al Templo lo encuentra despojado del cielo raso plano que cubría las tres Naves ocultando los artesonados de toda la yesería que en otros, flores de acanto, etc. Cubría las columnas de piedra y capitales originales. La Iglesia se devolvió a lo que fue a su origen, presentando el sobrio y bellísimo conjunto de una arquitectura en blanco, de definido estilo gótico Isabelino y de espléndidos artesonados árabes o mudéjares.

Bajo el piso descansan los restos de los antepasados tunjanos, que reclamaban el honor 

de ser enterrados en la Catedral,  y todo el espacio de sus suelos constituyen el sagrado y 

Venerado osario de la Ciudad.

En su condición de parroquia, es una entidad sin ánimo de lucro y goza de personería jurídica eclesiástica según el propio Derecho Canónico, que está reconocida por la Autoridad Civil según el Art. 4 de la Ley 20 de 1974, (que es exenta de; Retención en la fuente, Art.369 E.T, el impuesto sobre la renta para la equidad –CREE, Art. 1 parágrafo 2 del decreto 862 del 2012, impuesto sobre la renta y complementarios, no requiere estar inscrita en la cámara de comercio, Art. 1 Ley 537 de 1999 y es una entidad sin ánimo de lucro).

El Padre Julio Alberto Garavito Palacios, con  c.c. 6.758.250 de Tunja, fue nombrado Párroco de la Catedral y Basílica Menor Santiago Apóstol de Tunja, por decreto 0058 del 6 de Octubre 2021 y en la actualidad está en uso de sus funciones y como tal es el Representante Legal de la Parroquia en la Administración Pastoral y de sus bienes.